Nachschauen, ob das Mailkonto ev. doppelt angelegt ist, und falls ja eines davon löschen.
Falls es nicht hilft, Profilordner zuerst als Kopie wegsichern, dann alle Mailkonten innerhalb Thunderbird löschen und dann E-Mail-Konto manuell wieder neu erfassen.
PS: Bei IMAP-Definitionen darf eigentlich durch das Löschen und Neuanlegen eines Mailaccounts an Mails nichts verlorengehen, da alle Mails anschliessend von der Server-Maibox wieder nachgeladen werden. Individuelle veränderte Einstellungen der Ordneransichten müssen allerdings anschliessend erneut wieder vorgenommen werden. Und falls alles schiefgehen würde, kann man ja das gesicherte Originalprofil notfalls auch wieder einspielen.