Hi,
ich nehme an, du erstellst die Ordner direkt in Thunderbird?
Die Ordnerstruktur gibt dir der Mailservice vom jeweiligen Dienstanbieter vor, ein Mailclient "sollte" diese dann nur abbilden. Das wird so sein, wie du das beschreibst, nicht alle Dienstanbieter handhaben das gleich.
Ich arbeite aktuell nicht mit Thunderbird, mit Outlook kann ich aber auch direkt im Ordner Posteingang einen Unterordner erstellen. Macht aber aus meiner Sicht nicht viel Sinn, denn der Mailserver von bluewin lässt das eigentlich nicht zu. Der so in Outlook erstellte Ordner wird auf dem Mailserver nicht abgebildet und Inhalte werden nicht synchronisiert (und es führt zu Fehlermeldungen beim Synchronisieren).
Ich habe mir deswegen angewöhnt, neue Ordner nur direkt im Webmail zu erstellen und diese Ordner dann im Mailclient zu abonnieren. Das bringt die Sicherheit, dass alle Ordner auf all meinen Mailclients (mit IMAP angebunden) immer synchron gehalten werden und keine Postfachinhalte "verloren" gehen.