Jein;-).
Grundsätzlich bleiben die Daten in der Cloud erhalten, dieser spielt es ja keine Rolle, ob das Gerät da ist oder nicht, da es sich um eine Zentralisierte Lösung handelt.
Dennoch würde ich dir beim neu Aufsetzen vor dem Löschen aller Daten empfehlen, die MyCloud zu löschen und so eine allfällige Synchronisation von Löschungen zu vermeiden. Grundsätzlich passiert dies nie, wenn Du via USB-Stick oder via “Zurücksetzen” am Mac so etwas machst, aber Sicher ist Sicher.