Das könnte mit den Bildfiltern zu tun haben.
In der iPhone App gibt es 3 Filter. Diese können ausgewählt werden, nachdem man die Dokumentränder mit dem Netz ausgewählt hat.
Der erste Filter (Auswahl unten ganz links) lässt das Bild unverändert farbig, die beiden anderen verändern das Bild nach schwarzweiss.
Leider kann man nicht gut sehen, welcher Filter nun ausgewählt ist. Aber wenn also das Dokument nach dem Scannen schwarzweiss aussieht, einfach mal unten links tippen und schauen ob es wieder farbig wird.
Grüsse, Sho