POP3 gehört schon lange ins Museum.
Stelle alles auf IMAP um, und wenn Du etwas vom Mail-Server entfernen willst, verschiebe es in einem Mailprogramm ganz einfach aus den synchronisierten Ordnern in eine lokale Mailablage (nennt sich unter Thunderbird "Lokaler Ordner")
Kann übrigens schon sein, dass die neue Bluewin-Mailplattform im Zusammenhang mit der Mailbox-Migration das Thema POP3 auch nicht im Griff hat, aber eigentlich halte ich das für ziemlich irrelevant, bzw. müsste es vom Mailprojekt beantwortet werden, was vermutlich aber nie geschehen wird.