Hallo HansHika
Wenn Dir Ordner fehlen, versuche mal die zu abonnieren. Mache dazu in Thunderbird auf das Konto einen Rechtsklick.
Bei mir sieht das (ich habe extra 2 Musterordner erstellt) so aus:

In meinem Beispiel mache ich also einen Rechtsklick auf Stephan - Bluewin
Im Dialogfeld wählst Du nun abonnieren.
Vergewissere Dich, dass alle Ordner angekreuzt sind. Bei mir sieht das so aus:

Klicke wenn alle Ordner angekreuzt sind auf OK.
Ich bin überzeugt, dass spätestens nach einem Neustart von Thunderbird nun alle Ordner angezeigt werden.