En effet le POP3 n'est pas le bon choix si on veut travailler avec plusieurs clients e-mail.
C'est un protocole qui utilise le serveur de courrier comme un office postal (d'où son nom), le client va chercher son courrier et part avec, il ne reste rien à la poste (ça c'est le fonctionnement normal avec l'avantage mentionné par @merinos ).
Il y a ensuite des variations possibles suivant le client e-mail à définir dans sa configuration POP.
On peut effacer le message sur le serveur immédiatement, ou après un certain nombre de jours, ou après l'avoir effacé sur le PC local, ou jamais! Les deux dernières options ne sont pas favorables parce qu'elles obligent à aller faire le ménage sur le serveur pour ne pas remplir l'espace disponible.
Le fait que le courrier soit laissé comme lu ou pas lu sur le serveur après levée de la boîte n'est pas important, comme dans la logique du POP personne n'est sensé aller regarder directement dans cette boîte.
DanielD