Leere mal den Papierkorb, denn der zählt auch für den Speicherverbrauch.
Ebenso den Gesendet-Ordner.
Falls Du IMAP korrekt eingerichtet hast, synchronisiert das lokale Löschen im Mail-Programm übrigens auch mit der Server-Mailbox.
Ein separates Löschen im Web-Mail ist also unnötig.