@b.clausen
Der wahrscheinlichste Grund für dieses Verhalten ist immer ein weiteres Gerät (alter PC, Tablet, Handy), auf welchem ebenfalls noch ein Mailprogramm aktiv ist, welches die selbe Mailbox noch mittels POP angebunden hat und immer wenn dieses Gerät aktiv wird, lädt es dann diese Mailbox lokal herunter und löscht die Mails auf dem Server.
Damit verschwinden dann die Mails auch auf allen mittels IMAP angebundenen Geräten.
Also als erstes mal überlegen was für andere Geräte Du noch hast und dann da überprüfen, ob noch ein Mailprogramm drauf ist und die Mail-Konfiguration aller Deiner Geräte überprüfen.