Bei der Einrichtung von MyCloud (oder in den Einstellungen von MyCloud) kannst Du auswählen, welche Verzeichnisse synchronisiert werden.
Dies ist meines Wissens auch bei den Subdirectories so, dass Du auswählen kannst, was synchronisiert wird.
Hast Du überprüft, ob Du ggf. dort häckchen vergessen hast zu setzen?