Ho avuto lo stesso problema.
Avevo collegato il swisscom box direttamente alla TV (non avevo ancora l'Home Theater), nelle impostazioni della TV e del swisscom box avevo selezionato l'audio surround e avevo il tuo stesso problema. Per risolvere ho disattivato l'audio surround nella TV o nel BOX (o forse in tutti e due, non ricordo).
Ora ho aggiunto una sound bar, ho collegato l'uscita audio ottica del BOX alla sound bar, e anche qui se attivo l'audio surround BOX ho dei problemi (in alcuni canali HD non si sente l'audio).
Dopo qualche ricerca in internet ho trovato che non tutti gli apparecchi sono compatibili tra di loro quando si attiva l'audio surround.
Prova a fare delle prove attivando e dissativando l'audio surround dei vari apparecchi.
Buona fortuna.