Habe es auch mal aufgebaut, getestet und komme zum selben Resultat.
Über 3G finden die App die Fritz!Box nicht.
Da der VPN Tunnel zur Fritz!Box allerdings funktioniert, vermute ich, dass es nicht an einer Restriktive von Swisscom liegt, sondern an der App selber.
Im Beschreib der App steht aber auch „Fritz!BoxApp Fon verbindet sich über WLAN mit Ihrer Fritz!Box…“
Nachtrag: Über ein anderes Phone via Hotspot verbunden funktioniert es dann auch wieder.